Для отелей в Европах лучше выбирать Booking.com (как в ЮВА -- Agoda, так в Европе букинг). Насчёт хостелов не знаю, где-то были в закладках пара рекомендованных сайтов, но я в хостелах бывал всего 2 раза.
Авиабилеты покупаются тем где удобнее и привычнее Обычно сильной разницы нету

А вот х.з. Что и неудобно. С одной стороны билет лучше брать на акциях, но фиксированные даты. Этой зимой Люфтганаза продавала просто вкуснейшие билеты на Европу по цене типа 4000 рублей (из Москвы и назад до Мск) + внутри Европы перелёты были очень дешёвыми. Ну и Люфтганза имеет нормальный тариф (не помню сейчас сколько евро стоит точно) на перевозку велосипеда. Из стандартных идей по сокращению затрат: жить в хостелах

Что касается вопросов поездок по Европе на велосипеде, то лучше идти на известный оранжевый ресурс в раздел Туризм. Там порядочно тем про поездки по Европам. Имеет смысл почитать что пишут люди при планировании.

P.S. В вашем мероприятии можно будет поучаствовать? Пока интерес теоретический. Вернусь в сентябре с поездки -- будет ясно, понравилась ли мне велоЕвропа или нет.

Да, поезд будет удобнее в случае нечётких дат. В случае же наоборот, если даты известны заранее, то самолёты по акциям оказываются дешевле

Тогда с них надо и начинать поездку, так?
По поводу перелетов по Европе: из отчета о поездке по Китаю понял, что велосипеды для самолета надо готовить очень тщательно. Насколько реально осуществлять такую сборку/разборку/упаковку/распаковку каждые два-три дня?

А вообще много о переездах и брони отелей на http://twentysix.ru/
Хотя там и о поездках на соревнования и байк парки, но всё равно инфа полезная.